روش تهیه  از طریق فعالیت بیولوژیکی می تواند به دو طریق زیر انجام پذیرد:

۱- روش مستقیم (بدون خمیر اولیه)

۲- روش غیرمستقیم (با استفاده از خمیر اولیه)

در روش مستقیم تنها یک خمیر تهیه می شود در حالی که در روش غیرمستقیم، دو خمیر تحت عنوان خمیر اولیه و خمیر اصلی تهیه می شود. روش غیرمستقیم به دو صورت امکان پذیر است:روش کوتاه مدت و روش طولانی مدت اصولاً به کارگیری نوع روش تهیه خمیر، به واحد تولیدی، نوع نان و سایر مشخصات و امکانات بستگی دارد.

پوک کردن خمیر ‏:

پوک کردن خمیر و تخمیر اولیه پوک و متخلخل کردن خمیر یکی از مهمترین مراحل تهیه نان به شمار می رود چون خمیری که پوک و متخلخل شود نانی قابل هضم با قابلیت نگهداری بالا تولید خواهد کرد در حالی که خمیری که پوک نشده باشد نانی سنگین، مرطوب و خمیری حاصل خواهد کرد که مزه و قابلیت نگهداری و هضم آن در سطح پائینی است.خمیر را به طرق زیر می توان پوک نمود:

۱- پوک کردن بیولوژیکی (از طریق خمیر ترش یا مخمر)

۲- پوک کردن فیزیکی (مکانیکی)

۳- پوک کردن شیمیایی

پوک کردن از طریق مخمرمهمترین وظیفه ای که مخمرها در تهیه خمیر دارند پوک کردن محصول از طریق متابولیسم مخمرها و ایجاد گاز دی اکسید کربن می باشد. علاوه بر این، مخمرها، الکل، آلدئید و اسیدهای آلی تولید می کنند که در تشکیل عطر و بوی نان و محصولات پخت اثر می گذارند. مخمرها میکروارگانیزم های تک سلولی هستند که جزء قارچ ها به شمار می روند و از طریق جوانه زدن تکثیر می شوند. حرارت مطلوب برای رشد و تکثیر مخمرهای خمیر ترش ۲۴ تا ۲۷ درجه سانتی گراد است.امکان آلودگی و فساد مخمر تر همیشه وجود دارد.

میزان مصرف مخمر بستگی به کیفیت مخمر، کیفیت آرد، روش تهیه خمیر نان صنعتی:، فرمول تهیه نان، شرایط واحد تولیدی و سایر عوامل دارد. باید توجه داشت که مصرف زیاد مخمر فعال، تاثیر نامطبوعی روی طعم و مزه نان دارد لذا باید به میزان دقیق مصرف مخمر توجه داشت. پوک کردن فیزیکی همان گونه که گفته شد پوک کردن خمیر فقط از طریق تخمیر انجام نمی گیرد.

پوک کردن فیزیکی نیز یکی از روش های قابل استفاده است. پوک کردن از طریق هوا و بخارآب و پوک کردن از طریق اسیدکربنیک از روش های مهم فیزیکی به حساب می آیند.

پوک کردن شیمیایی پوک کردن شیمیایی نیز یکی از روش های قابل استفاده است که عبارت است از فرآیندهایی که در آن گازهای پوک کننده حاصل از مواد شیمیایی در اثر گرما، رطوبت و یا اسید آزاد می شوند. در مواد پوک کننده شیمیایی معمولا نمک هایی استفاده می شود که بتوانند دی اکسیدکربن و یا گاز آمونیاک را که به عنوان گاز پوک کننده شناخته شده است، به وجود آورند.پس از طی این مراحل و قبل از پخت، خمیر نان صنعتی: باید کاملا تخمیر شود. تخمیر خمیر در مفهوم تکنولوژی شامل استراحت خمیر (استراحت اولیه خمیر)، تخمیر میانی و تخمیر نهائی است.

هدف از استراحت اولیه خمیر موارد زیر می باشد:نگهداری گاز در خمیرگسترش و تشکیل گاز توسط مخمر یا خمیر ترش اصلاح الاستیسیته، فرم پذیری، خشک شدن و رشته رشته شدن خمیرتجزیه آنزیماتیکی اجزا تشکیل دهنده، تشکیل اسید لاکتیک از طی مراحل استراحت اصطلاحات خمیر رسیده می شود.

چانه گیری و تخمیر میانی

چانه گیری و تخمیر میانی به منظور توزین و تقسیم خمیر(چانه گیری)، زمانی که خمیر آماده شد برای بریدن و توزین به دستگاه چانه گیر منتقل می شود. در واحدهای صنعتی از طریق ماشین آلات نیمه اتوماتیک یا تمام اتوماتیک چانه گیری بر مبنای اصول مختلف زیر انجام می گیرد:

۱- حجمی

۲- پیستونی

۳- محفظه ای (بدون پیستون)

۴- نواری

پس از چانه گیری خمیر باید گرد شود از طریق گرد کردن می توان به نتایج زیر دست یافت:

• صاف شدن چانه
• یکنواخت شدن سطح بریده شده خمیر و مسدود شدن منافذ سطحی آن به منظور محبوس کردن گازها و حباب های هوا و جلوگیری از خروج آن ها
• یکنواخت شدن و به هم پیوستن بافت خمیر و برطرف نمودن اختلاف کشش در کلیه نقاط چانه به منظور بهبود کیفیت نان
• فراهم شدن شرایط مطلوب چانه جهت سهولت عملیات بعدی یا فرم دادن
• برطرف شدن حالت چسبندگی چانه

مدت زمانی که چانه گرد شده استراحت کرده تا قابلیت تبدیل به فرم بعدی را پیدا کند،تخمیر میانی می گویند. تخمیر میانی خود می تواند در یک یا چند نوبت صورت گیرد. به همین سبب مراحل مختلف تخمیر میانی ممکن است وجود داشته باشد. چنانچه تخمیر میانی حذف شود، فرم و شکل خمیر و نان حاصل دارای عیوب زیادی خواهد شد. اصولا مدت زمان تخمیر میانی (در مورد نان گندم) ۴ تا ۸ دقیقه به طول می انجامد. در این مرحله چانه ها می توانند در اطاقک های تخمیر قرار گرفته و یا از کانال های مخصوص تخمیر که با رطوبت و درجه حرارت تنظیم شده است، عبور نمایند و بدین وسیله تخمیر شده، با طی زمان استراحت آماده فرم پذیری می شود.

گرد کردن و فرم دهی خمیر نان صنعتی: 

گرد کردن و فرم دهی چانه ها و تخمیر نهایی پس از این مرحله باید چانه ها شکل و فرم مورد نظر را به خود بگیرند. عملیاتی از قبیل لوله کردن، تیغ زدن یا خط انداختن، دو یا چند قلو شدن خمیر، بافته شدن، گره خوردن یا روی هم قرار گرفتن، شانه زدن و شیار زدن و سایر عملیات فرم دهی در این مرحله انجام می شود. به طور کلی فرم و شکل دادن روی ویژگی های نان از جنبه هایی مانند شکل ظاهری، درجه پوکی و خلل فرج، طعم و مزه تاثیر می گذارد.

پس از این که چانه ها فرم و شکل گرفتند باید در اطاقک های مخصوص و یا واگن های تخمیر که با رطوبت و درجه حرارت تنظیم شده اند، قرار گیرند و بدین طریق تخمیر کامل می شود. طی تخمیر نهائی فرآیندهایی به شرح زیر انجام می شود که باعث رسیدن چانه ها می شود:

• تورم اجزاء تشکیل دهنده ارد ادامه می یابد. در اثر این امر، خمیر خشک تر شده و حالت می گیرد. تجزیه اجزاء تشکیل دهنده آرد در اثر آنزیم های آرد و مخمر ادامه می یابد. در نتیجه مقدار مواد آروماتیک در چانه زیاده شده، الاستیسیته گلوتن قدری کاهش می یابد.
• تخمیر قندها در خمیر ادامه می یابد. مقدار گاز در چانه افزایش یافته، خلل و فرج آن بزرگ شده و دیوار خلل و فرج ظریف تر می شود.خمیر در انتهای این مرحله آماده وارد شدن به مرحله پخت است.